聚乙二醇干擾素聯合利巴韋林是目前慢性丙型肝炎治療的標準療法。抗HCV病毒治療的主要終點是持續病毒學應答（SVR），其定義是在治療結束后24周患者血清中時不能檢測出HCV-RNA。在絕大多數患者中均可以產生SVR，HCV感染看來是可治愈的。難治性病例是哪些經過標準治療不能夠產生SVR的患者。在治療的早期有相當一部分患者可以被早期識別。在接受標準治療的患者如果在治療12周時其血清HCV-RNA下降低于2Log10國際單位，則其獲得SVR的機會非常渺茫，這種病人可以中止治療。
　　標準治療沒取得SVR的患者的原因是多因素的，可能與治療計劃、宿主因素、疾病相關性特征、和病毒因素有關。治療失敗的一個重要因素是依從性差。其它因素包括酒精濫用和靜脈內濫用藥物。而老年、男性和高體重與較低的應答率呈負相關。病毒學因素在治療失敗中具有重要作用，基因2、3型產生病毒學應答較基因1、4型明顯高。
　　因為一些共同的傳播途徑，在慢性丙型肝炎患者中約有1/3的患者同時伴有HIV感染。
　　對難治性患者（包括HIV/HCV合并感染者）的未來治療需要新的治療措施。有四類治療措施有希望在未來的5～10年應用于臨床治療中，這四類療法是：干擾素，包括具有增強活性和改善的藥物動力學的新干擾素分子；利巴韋林和利巴韋林樣分子；特異性HCV復制抑制劑，包括HCV蛋白酶抑制劑、HCV多聚酶抑制劑、HCV螺旋酶抑制劑、和HCV內切酶位點抑制劑；免疫治療，如新的免疫調節劑和治療性疫苗。當然這些新療法的聯合治療也可能是未來研究的一個重要方向。對于哪些不能取得病毒清除和肝病似乎在進展期的患者，采用“抑制性”治療、非治愈性治療如維持治療和聯合抑制HCV病毒的復制可能是目前唯一的治療選擇。
 

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